Fiskeproduktion er nøje kontrolleret af myndighederne og virksomhedernes egenkontrol.

Der er derfor sikkerhed for, at alle fisk og skaldyr lever op til de nationale og internationale krav - herunder EU´s regler for forvaltning af hygiejne og fødevarekvalitet mv. Produktionen bygger på en højteknologisk standard, og et stort antal danske virksomheder er tildelt de højest opnåelige, internationale certifikater.

Fødevarestyrelsen holder øje med forekomsten af giftige alger og algegifte i de indre danske farvande, hvor der foregår kommercielt fiskeri og høst efter muslinger og andre toskallede bløddyr som østers, pighuder, sækdyr og havsnegle.

For at et produktionsområde kan åbnes, skal der være udtaget prøver, der ikke viser tegn på forekomst af giftige alger og algegifte. I praksis foregår det sådan, at fiskeren eller opdrætteren udtager vand- eller muslingeprøver i ugen før fiskeriet eller høst begyndes samt på den første fiske- eller høstdag.